具有靈活多樣的掃描組合方式是Orbitrap Fusion的優(yōu)勢(shì)之一，包括可以使用CID、HCD、ETD、DDDT等不同的裂解模式，可以使用Orbitrap或離子阱掃描檢測(cè)，可任意選擇破裂和檢測(cè)模式進(jìn)行MS分析，可同時(shí)選擇多個(gè)二級(jí)離子進(jìn)行三級(jí)定量分析（SPS技術(shù)）等。

通過(guò)考察蛋白質(zhì)組學(xué)最常用的掃描方式：OT-HCD-IT、OT-CID-IT、OT-HCD-OT、OT-CID-OT。使用這四種掃描方式對(duì)酵母全蛋白進(jìn)行60分鐘有效梯度的數(shù)據(jù)采集，并對(duì)鑒定結(jié)果進(jìn)行分析、比較。

比較了四種掃描方式在蛋白鑒定數(shù)量、肽段鑒定數(shù)量、PSM數(shù)量、譜圖數(shù)、譜圖鑒定率五方面的差異，并以OT-HCD-IT結(jié)果作為100%進(jìn)行歸一化。

結(jié)果表明，OT-HCD-IT由于速度zui快，因此獲得的譜圖數(shù)和鑒定數(shù)zui多；OT-CID-IT相比前者掃描速度略慢5%，因此獲得的結(jié)果略少，譜圖數(shù)和蛋白鑒定數(shù)約是前者的95%；OT-HCD-OT與Q-Exactive質(zhì)譜的掃描方式相同，由于無(wú)法實(shí)現(xiàn)一級(jí)二級(jí)的同時(shí)運(yùn)行，譜圖數(shù)和蛋白鑒定數(shù)分別是OT-HCD-IT的70%和85%；OT-CID-OT速度zui慢，譜圖數(shù)和蛋白鑒定數(shù)分別是OT-HCD-IT的60%和75%。此外，四種掃掃描方式鑒定率相差不大，表明數(shù)據(jù)質(zhì)量沒有明顯差異。

與HCD相比，CID雖然速度略慢且有三分之一效應(yīng)，但靈敏度更高，更適合于低豐度蛋白和少量樣本分析。二級(jí)Orbitrap檢測(cè)常用于定量蛋白質(zhì)組學(xué)研究，TMT/iTRAQ標(biāo)記定量、PRM定量都要用到二級(jí)分辨率、高質(zhì)量精度。四種掃描方式有著各自的特點(diǎn)，適用于不同的應(yīng)用方向，所以根據(jù)實(shí)驗(yàn)?zāi)康牟煌x擇合適的掃描方式非常重要。