既然食源性疾病乃是從“口入”，那么食品是否安全無毒就有必要采用檢測儀器予以鑒別了。它們不僅能夠識別出那些明顯變質(zhì)的食品，還能揪出其中肉眼無法看見的有害微生物。目前，根據(jù)食品致病因子的不同，可以簡要分為細(xì)菌性危害、病毒性危害、寄生蟲危害和真菌性危害四類。

　　一，細(xì)菌性病害是由細(xì)菌病菌侵染所致的病害。普通人一提到食物中毒，可能第一反應(yīng)就是覺得里面有細(xì)菌。沒錯，致病細(xì)菌污染的確是影響食品安全的重要因素。它不僅會引起食物的腐敗變質(zhì)，嚴(yán)重的時候還會造成食源性疾病。對此，檢驗人員可以取出一部分食品作為樣本，采用實驗室中的培養(yǎng)基和顯微鏡對其菌落總數(shù)測定。菌落總數(shù)越多，說明食品質(zhì)量越差，也就越容易造成細(xì)菌性食源性疾病。

　　二，病毒比細(xì)菌的個頭小得多，一般的光學(xué)顯微鏡也很難看見，因此必須采用電子顯微鏡予以觀測。雖然病毒對食品的污染并不像細(xì)菌那么普遍，但是一旦污染也會產(chǎn)生嚴(yán)重的后果。前幾年爆發(fā)多起諾如病毒感染事件，就是因為食品中含有此致病病毒。病毒一般通過直接或間接的方式由排泄物傳染到食品中。攜帶病毒的食品加工者可導(dǎo)致食品的直接性污染，而污水則常導(dǎo)致食品的間接性污染。因此，為了保證不被感染病毒性食源性疾病，必須加強(qiáng)對水質(zhì)的檢測。

　　三，食源性寄生蟲病也是影響我國食品安全和人民健康的主要因素之一。畜禽、水產(chǎn)是許多寄生蟲的中間宿主，消費者食用了含有寄生蟲的畜禽和水產(chǎn)品后，就可能感染寄生蟲。目前主要可以采用病原學(xué)檢測技術(shù)、借助顯微鏡進(jìn)行寄生蟲形態(tài)學(xué)觀察，比如采用載玻片和顯微鏡的直接壓片鏡檢法，采用日光燈或者紫外燈的燈檢法，直接沉渣鏡檢法以及蛋白酶消化法。除了病原學(xué)檢測技術(shù)，還可以使用包括聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PCR)、棉纖維卡片(FTA)、基因芯片(DNA chip)等方法的分子生物學(xué)檢測技術(shù)，以及各種免疫學(xué)檢測技術(shù)。

　　四，最后，還有一類真菌性危害，主要包括真菌及其毒素、有毒蘑菇對食品造成的危害。比如黃曲霉素、雜色曲霉素、赭曲霉素可以破壞食品的品質(zhì)，產(chǎn)生一定的毒素。人類食用后容易導(dǎo)致肝損傷，甚至引發(fā)其他嚴(yán)重疾病。真菌性危害主要針對植物，日常食用的水果是重災(zāi)區(qū)。針對這一“看不見的威脅”，一般可以采用高效液相色譜法、薄層色譜法、毛細(xì)管電泳法、液質(zhì)聯(lián)用法等技術(shù)進(jìn)行檢測。隨著科學(xué)技術(shù)的進(jìn)步，高壓液相色譜儀、熒光光度計、液相色譜-三重串聯(lián)四極桿質(zhì)譜儀等儀器設(shè)備也被應(yīng)用于此。為了提升檢測效率、降低設(shè)備成本，現(xiàn)在還可以使用免疫化學(xué)分析法進(jìn)行快速分析檢測，滿足現(xiàn)場檢測工作的需求。